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典型荒漠植物沙冬青染色体的核型分析、基因组DNA纯化及基因组大小预测

背景:此数据汇交属于“黑河流域生态-水文过程集成研究”重大研究计划重点项目“黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究”的第一次数据汇交。 本重点项目的主要研究目标是以典型荒漠植物沙冬青为材料,利用目前国际上先进的新一代基因测序技术对沙冬青的全基因组序列及基因转录组序列进行解码,从而发掘与抗旱相关的基因和基因群组,并用转基因技术在模式植物中验证其抗旱性。 过程、内容: 由于基因组测序需要专门测序仪器,工程浩大、过程复杂(主要有基因组文库构建、测序、数据分析及基因组组装等程序),因此需要由专业测序公司完成。在与测序公司接触后,我们了解到在对一未知基因组进行测序前,需要先对其基因组的大小和复杂度进行预测,这是设计测序方案和策略的必要前提。因此我们在2013 年主要对沙冬青的染色体组成、基因组大小和复杂度进行了预测,并成功建立了其基因组DNA的提取纯化方法。结果表明沙冬青植物为2倍体,基因组由...

沙冬青干旱胁迫响应的转录组学特征

通过Hiseq2000对沙冬青叶片和根系进行高通量转录组测序,发现了44959个unigene。并通过数据库比对,对其中的43192个unigene进行功能注释。发现干旱处理下,在叶片和根中差异表达的基因(表达量上调或下调2倍以上)分别有1035个和1210个。这些差异表达的基因集中于与物质运输、胁迫响应以及代谢过程,分子结构活性等方面。鉴定出干旱胁迫下差异表达的(专一性)响应基因40个。通过对沙冬青转录因子的分析,还发现沙冬青包含50个转录因子家族,1575个转录因子。在叶片中7个转录因子表达量上升,50个下降;在根中有11上升,33个下降。...