本数据地址:fefa4219-18be-439e-b365-633d58703b3c
典型荒漠植物沙冬青染色体的核型分析、基因组DNA纯化及基因组大小预测
英文标题:Karyotyping, genomic DNA purification and genome size prediction of typical desert plant Ammopiptanthus mongolicus
  1. 摘要

    背景:此数据汇交属于“黑河流域生态-水文过程集成研究”重大研究计划重点项目“黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究”的第一次数据汇交。 本重点项目的主要研究目标是以典型荒漠植物沙冬青为材料,利用目前国际上先进的新一代基因测序技术对沙冬青的全基因组序列及基因转录组序列进行解码,从而发掘与抗旱相关的基因和基因群组,并用转基因技术在模式植物中验证其抗旱性。

    过程、内容: 由于基因组测序需要专门测序仪器,工程浩大、过程复杂(主要有基因组文库构建、测序、数据分析及基因组组装等程序),因此需要由专业测序公司完成。在与测序公司接触后,我们了解到在对一未知基因组进行测序前,需要先对其基因组的大小和复杂度进行预测,这是设计测序方案和策略的必要前提。因此我们在2013 年主要对沙冬青的染色体组成、基因组大小和复杂度进行了预测,并成功建立了其基因组DNA的提取纯化方法。结果表明沙冬青植物为2倍体,基因组由9条染色组成(2倍体18条),基因组大小为1.07G。对基因组DNA的质量检测结果表明,所得DNA复合测序要求,已送往测序公司建库、测序,现正在进行中。另外,为了获得大量、均一的植物材料,我们对其愈伤组织的诱导进行了探讨,也获得了成功。由于这些原因,我们未能够按项目原计划在本年度完成沙冬青基因组测序,并提交有关数据,主要是我们之前没有将基因组预测的内容计算在内。

    数据使用说明:本年度所得有关沙冬青倍性、染色体核型组成以及基因组大小的数据,对后续基因组测序奠定了必要基础,为测序方案的设计和经费预算提供了重要科学依据。而对其愈伤组织诱导的成功,为后续转录组测序和抗旱机理研究的实验提供了高质量的材料保障,也无需每次到植物原生长地取材,同时也是对沙冬青植物细胞学和生理学研究的新贡献。

  2. 关键词

  3. 数据细节

    1. 数据大小:5.4MB
    2. 数据格式:word
  4. 地理范围

    -北:43.3-
    西:96.1-东:104.2
    -南:37.7-
  5. 时间范围

      1. 本数据的引用

          顾力菲,张边江,何军贤. 典型荒漠植物沙冬青染色体的核型分析、基因组DNA纯化及基因组大小预测. 黑河计划数据管理中心, 2014. doi:10.3972/heihe.005.2014.db
      2. 建议参考文献

        1. 数据DOI

        2. 项目支持信息

          1. 国家自然科学基金“黑河流域生态-水文过程集成研究”重大研究计划:黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究(编号:91125027)
        3. 数据使用声明

          1. 为尊重知识产权、保障数据作者的权益、扩展数据中心的服务、评估数据的应用潜力,请数据使用者在使用数据所产生的研究成果中(包括公开发表的论文、论著、数据产品和未公开发表的研究报告、数据产品等成果),明确注明数据来源和数据作者。对于转载(二次或多次发布)的数据,作者还须注明原始数据来源。
        4. 相关链接

          1. :ftp://ftp2.westgis.ac.cn/
          2. :http://westdc.westgis.ac.cn/
        5. 缩略图

        6. thumbnaillarge_thumbnail
        7. 资源提供者

          1. 调查者:
            • 姓名:何军贤
            • 单位:香港中文大学深圳研究院
            • 通讯地址:中国--广东--深圳--廣東省深圳市南山區粵興二道10號
            • 邮编:518057
        8. 元数据作者

          1. 作者:
            • 姓名:顾力菲
            • 单位:香港中文大学
            • 通讯地址:--香港--香港--香港中文大学逸夫科学大楼
            • 邮编:
            • 电子邮件:fay0204@gmail.com
            • 电话:+85254953802
        9. 数据分发者

          1. 分发者:
            • 姓名:黑河计划数据管理中心
            • 单位:中国科学院寒区旱区环境与工程研究所
            • 通讯地址:中国--甘肃--兰州--东岗西路320号
            • 邮编:730000
            • 电子邮件:westdc@lzb.ac.cn
            • 电话:0931-4967287
            • 传真: